Gli abitanti di Hyrule stanno scomparendo, inghiottiti da strani squarci che sono apparsi all'improvviso, e fra le vittime c'è anche un certo spadaccino. Così, tocca alla principessa Zelda entrare in azione per salvare il suo regno. Fai squadra con la misteriosa fata Tri e usa il potere del bastone di Tri per imparare a creare repliche, ovvero riproduzioni dei personaggi e degli oggetti in cui ti imbatti nel mondo. Una volta appresa la tecnica, potrai creare repliche in qualsiasi momento per risolvere enigmi e sconfiggere i nemici.