Nelle profondità della grande barriera corallina Marlin, pesce pagliaccio, è rimasto vedovo e con un unico figlio, Nemo. Quando per il piccolo arriva il primo giorno di scuola, il padre, pieno di paura per i tanti pericoli in agguato, lo accompagna. Reagendo d'istinto alle sue eccessive raccomandazioni, Nemo si allontana dal gruppo, supera la barriera, si avvicina ad una barca e subito viene catturato da un sub, destinazione un acquario nello studio di un dentista di Sidney. Disperato per la sorte del figlio, Marlin si mette subito alla sua ricerca. Non sa però da dove cominciare, quando in suo soccorso arriva Dory, un pesce chirurgo blu che gli offre aiuto ma soffre di fastidiosi vuoti di memoria. Così, trovare la strada giusta diventa un'impresa impervia e difficile. Gli ostacoli si succedono uno dopo l'altro: un terzetto di squali, una rana pescatrice, una foresta di meduse, una balena, un gruppo di tartarughe marine, i gabbiani affamati che presidiano il porto di Sidney. Infine per